Las comunidades vegetales de la marisma interna subhalófila se localizan en la cola principal del estuario y en áreas laterales donde afluyen arroyos de agua dulce, y la influencia mareal es menor. Esta situación determina que la salinidad se mucho menor que en la marisma externa halófila.
En Villaviciosa estas marismas poseen un extensión mucho menor que las halófilas, dado el escaso caudal de los cursos fluviales que forman el estuario. Además gran parte de estos territorios han sido transformados en "porreos" dedicados a tierras de labor.

Al igual que ocurre en la marisma externa, en función de los valores que tengan diversos factores ambientales podemos diferenciar diferentes tipos de comunidades vegetales:

• El suelo del canal principal se encuentra en buena medida desnudo por efecto de la intensa corriente, aún así puede presentar una estrecha franja de suelos fangosos, bajo el nivel medio de pleamares, en los que se desarrollan cañaverales anfibios de cirpo marítimo (Scirpus maritimus var. compactus) ligado a situaciones de encharcamiento permanente o casi. Detrás de ellas se asientan bien formaciones de otro cirpo, el palustre, Scirpus lacustris subp. tabernaemontani como ocurre en la Encienona de Selorio, o bien en zonas menos encharcadas el carrizo el carrizo (Phragmites australis).
  
  
• Bordeando los canales, en zonas elevadas con aportes de arribazones marinos y fluviales se establecen herbazales de lastón de marisma, Elymus pycnanthus, con junco marítimo, Juncus maritimus, en los suelos más evolucionados, y ya en las planicies mareales más próximas al canal, frecuentemente inundadas, están los juncales con Carex extensa.
  
  
• A medida que nos alejamos del canal principal con el consiguiente aumento del nivel del terreno, disminuyen las inundaciones, situación que permite el desarrollo de juncales con Agrostis stolonifera y gramales de Paspalum vaginatum. Por el contrario las áreas más deprimidas son ocupadas por comunidades de cótula, Cotula coronifolia, mientras que, en los claros que dejan los juncales y los gramales aparecen comunidades de salicornias, Salicornia europaea s.l., y rabaniza de los soseros, Spergularia marina.
  
  
• Por último en los canales muertos o en charcas salobres, donde la circulación se encuentra reducida, pueden aparecen comunidades de broza fina, Ruppia maritima, incluida en el Catálogo Regional como "vulnerable"

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