La marisma interna halófila se corresponde con aquellas zonas externas y medias del estuario en las que, dado que la influencia mareal es mucho mayor que la fluvial y la mezcla de aguas es total, la salinidad de las aguas es elevadísima.

La distribución de las diferentes comunidades vegetales de estas marismas sigue unas pautas concretas determinadas por la variación de factores tales como la anegación mareal, la salinidad y la capacidad de drenaje de los suelos. De un modo simplificado podríamos resumir la distribución de las diferentes comunidades como sigue:

• En las zonas fangosas de las zonas más interiores del estuario, cubiertas casi permanentemente y donde la profundidad es mayor se pueden encontrar praderas de sedas de mar (Zostera sp. pl.). Las comunidades de la seda de mar ancha, Zostera marina, son difícilmente visibles ya que sólo emergen en las bajamares más intensas. Esta especie tan solo está presente en dos estuarios asturianos, las rías de Villaviciosa y Eo, y se encuentra recogida en el Catálogo Regional de Especies Amenazadas de la Flora del Principado de Asturias con la categoría de "sensible a la alteración de su hábitat". Por contra las praderas que forma la seda de mar estrecha (Zostera noltii) se pueden observar en casi todas las bajamares, desde la ensenada de Misiego hasta la zona de La Espuncia por el canal principal. Esta especie aparece catalogada como "vulnerable" en el Catálogo Regional y de no mejorar su estado podría pasar a la categoría de "en peligro de extinción".

  

• Por encima de estas praderas se desarrollan las comunidades de Spartina maritima a medida que los suelos se consolidan y se elevan favoreciendo éstas la retención de nutrientes y sedimentos, permitiendo de este modo la colonización por comunidades más ricas. En Asturias ésta especie, recogida por el Catálogo Regional como "sensible a la alteración del hábitat", sólo se conoce en este estuario ocupando largas extensiones desde la ensenada de Misiego hasta la zona de La Espuncia.
  
  
• Tras las espartinas, en suelos muy salobres y normalmente inundados por las mareas crecen los matorrales de sosa de las salinas (Sarcocornia perennis) que pueden aparecer junto con la hierba de las marismas (Puccinellia maritima), el tripolio (Aster tripolium), la acelga salada (Limonium vulgare) la hierba de las golondrinas (Spergularia media), etc. ocupando grandes extensiones en El Bornizal y bordes de la ensenada de Misiego. La sosa de las salinas al igual que gran parte de las plantas del estuario presenta adaptaciones que le permiten resistir la elevada salinidad, como la presencia de hojas carnosas que le sirven para retener agua. Dicha especie se encuentra incluida como "vulnerable" en el Catalogo Regional y las poblaciones de la ría de Villaviciosa constituyen las más abundantes del Principado.
  




• L os suelos que por estar más elevados son inundados con menor frecuencia por el agua de mar, son colonizados por matorrales en los que se desarrolla el salicor duro (Sarcocornia fruticosa) con una distribución similar a la de (Sarcocornia perennis). Aunque el salicor duro es la mata dominante, también abundan la salobreña (Halimione portulacoides), el salvio (Inula crithmoides), la acelga salada ( Limonum vulgare) y el llantén de mar (Plantago maritima).
  
  
• Ya por encima del nivel medio de pleamar en zonas con mayor capacidad de drenaje se dan los matorrales de salobreña (Halimione portulacoides). Concretamente se encuentra en áreas más arenosas como la ensenada del Misiego y el Bornizal, zonas de gravas y cantos en contacto con los acantilados y en los resaltes que separan los canales que drenan la planicie mareal.

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